电子营业执照和全程电子化登记管理
现行法律并未明确全程电子化登记管理中登记材料电子化归档的法律效力问题，使得登记材料的电子化归档成为难点。而国务院《注册资本登记制度改革方案》中明确提出，推行电子营业执照和全程电子化登记管理;国家工商总局《关于同意开展电子营业执照系统建设试点工作的函》，明确将福建省工商系统作为全国推行电子营业执照试点省份之一。待国家工商总局电子营业执照标准下发，完善软件系统后，即可正式推行。但只有确立电子营业执照、全程电子化登记和电子化归档的法律效力，才能从根本上推进此项工作。所以推行电子营业执照和全程电子化登记管理，建立网上提交材料、网上审查核准、网上核发执照、网上自动存档的全程电子化登记模式，实行商事主体登记材料电子归档，不再进行纸质材料归档，商事主体登记材料电子档案与纸质档案具有同等的法律效力。
放宽中方股东主体资格限制
按《中外合资经营企业法》、《中外合作经营企业法》规定，只允许中国的公司、企业或其它经济组织与外国投资者申办中外合资企业或中外合作企业。但随着我国对外开放水平的不断提高，中国公民与外国投资者申办中外合资企业或中外合作企业的需求日益强烈，且各地实践中均有此类突破，所以福建自贸区放宽中外合资、合作企业中方股东主体资格限制。允许中国公民与外国公司、企业、其它经济组织或个人共同申办中外合资企业或中外合作企业。
放宽台湾居民申办个体工商户领域
根据《台湾农民在海峡两岸农业合作试验区和台湾农民创业园申办个体工商户登记管理工作的若干意见》(工商个字[2007]第247号)的规定，台湾农民可以申请登记的经营范围包括：种植业、饲养业、养殖业、农产品及农副产品加工业、农产品等自产产品零售业(不包括烟草零售和特许经营)、农产品和农业技术进出口、农业科技交流和推广。目前只在规定的这7个行业放开。2014年12月12日，国务院常务会议决定在福建特定区域设立中国(福建)自由贸易试验区,要求福建立足对台特点，着重进一步深化两岸经济合作，积极探索两岸合作新模式，努力建成两岸经济合作示范区。借鉴广东突出对港特点，2014年12月18日签署的服务贸易自由化协议向香港居民申办个体工商户开放130个行业的做法。福建自贸区放宽台湾居民申办个体工商户领域。台湾居民在福建自贸区内申办个体工商户开放的行业，与广东与香港政府2014年12月18日签署服务贸易自由化协议涉及向香港居民申办个体工商户开放130个行业相同。
