根据福建实际，福建海峡蓝色经济试验区建设将定位六方面目标：深化两岸海洋经济合作的核心区、全国海洋科技研发与成果转化重要基地、具有国际竞争力的现代海洋产业集聚区、全国海湾海岛综合开发示范区、推进海洋生态文明建设先行区、创新海洋综合管理实验区。

据介绍，福建海峡蓝色经济试验区建设将着眼于陆海统筹发展，以沿海城市群和港口群为依托，加强海岸带及邻近陆域、海域开发，加快现代海洋产业和海洋战略性新兴产业发展，形成具有区域特色的海峡蓝色产业带，促进“人往沿海走、钱往山区拨，沿海发展产业、山区保护生态”，实现山海联动发展。

福建与台湾一水之隔，闽台海洋合作近年来持续拓展，目前，经国家批准已在福建省分别设立了６个台商投资区、６个台湾农民创业园、３５个台轮停泊点、２８个对台小额贸易口岸，２０１１年闽台贸易额达到１１６亿美元，沿海８个港口全面开通对台海上直航，率先开通对台海上直航客滚航线，率先实现两岸间双向旅游，厦门—金门、马尾—马祖、泉州—金门、平潭—台中等海上客运航线成为两岸人员往来的黄金通道。

据了解，福建省今后将进一步发挥对台优势，全面深化闽台海洋开发保护合作。如建设厦门两岸新兴产业合作示范区和闽台（福州）海洋产业园，构建平潭两岸海洋经济合作特殊区域，加强台湾海峡资源环境的协同保护，开展海峡防灾减灾与救助合作等。

福建东南竞争力研究院院长王开明认为，自古就有“闽在海中”的说法，福建山多地少，资源禀赋有限，其发展优势在海、潜力在海、希望在海。此外，２１世纪是海洋世纪，海洋产业特别是战略性新兴产业发展空间巨大，海峡蓝色经济试验区建设的推进，将为福建的科学发展跨越发展提供新增长极和源源动力。