（一）资金收缴和预算批复不规范。

1．未收缴入库资金91.4亿元，包括：发展改革委委托所属企业管理的20年前已取消的国家轿车零部件横向配套基金本金和清收款（含资产）10.26亿元；财政部参股的创业投资基金收益1.38亿元；财政部同意农业银行从受托处置资产收入中留用的委托手续费和超收奖励79.52亿元，电网经营企业从农网还贷资金收入中留用的手续费2400万元，未实行“收支两条线”管理。

2．批复的部门预算中个别事项不够准确和细化。一是批复的56个部门年初预算少编报已确认的2011年底结余资金18.33亿元；二是批复的教育部年初预算列入了未细化到具体项目的“高校发展长效机制补助经费”等预算43亿元，执行中由财政部再次批复。

3．批复的部门预算中个别事项不合规。一是批复的农业部、林业局部门预算中，安排“病虫害控制”等补助地方支出8.97亿元。二是批复安全监管总局等4个部门在未实行定员定额管理的下属单位预算中编列机动经费预算4493.18万元、银监会等11个部门超范围动用机动经费2.03亿元，不符合机动经费预算编列和动用有关规定。三是批复的证监会、保监会、社保基金会部门预算中，按职工工资总额的14%安排职工福利费，超过中央在京部门标准。

4．预算下达不及时。公共财政专项转移支付预算中，有4950.46亿元（占26.60%）未按要求于6月15日前下达，其中6.77亿元是12月31日才下达的。政府性基金转移支付预算中，有1011.76亿元（占71.24%）未按要求于6月15日前下达，其中21.01亿元是12月25日才下达的。公共财政本级支出预算中，有920.53亿元（占4.5%）未按要求于9月30日前下达，其中66.85亿元是12月31日才下达的。国有资本经营预算中，有420.70亿元（占43.01%）12月才下达。

5．财政专户清理不到位。至2013年底，中央财政在商业银行开设41个专户，其中：存放资金的性质和用途相近的专户未按规定精简归并，涉及13个专户；超过一年未发生业务的5个专户未按规定撤销。

（二）财权与事权未理顺，专项转移支付清理整合不到位。

1．专项转移支付项目清理力度不够大。经审计核实，具有专项性质的转移支付明细项目有363项，其中“中央基建投资”1个明细专项又包含110个子项。有的专项设置交叉重复，如财政部管理的“国家水土保持重点建设工程补助”等6个专项与发展改革委管理的“水土保持专项资金”等6个专项之间，财政部管理的“农业科技推广示范”、“名优经济林”等21个专项之间，发展改革委管理的“物流业调整和振兴”、“农产品冷链物流”等13个专项之间，在资金投向、补贴对象等方面存在交叉现象。

2．有的政策目标不够协调。如农业部管理的“海洋捕捞渔民转产转业补助”主要用于海洋渔船的报废补助等，而财政部和农业部共同管理的“渔业成品油价格补助”主要用于补助因成品油价格调整增加的渔业成本，由于保留渔船领取的成品油价格补助高于报废渔船获得的转产转业补助，渔民更倾向于保留渔船，造成减船转产工作陷于停顿。个别专项分配办法与政策目标衔接不够紧密，如发展改革委管理的“重点节能工程”项目，不是按节能量而是按项目总投资的一定比例安排补助，未充分考虑项目的节能效果和不同行业的节能成本。