（三）预算申报和执行中存在违反财经制度规定问题。主要是：

1．社保基金会、人民银行本级和中科院国家纳米科学中心、中国科学技术信息研究所等24个所属单位通过虚报人数、重复申报项目等方式多申领财政资金3553.15万元，主要用于房屋修缮和弥补人员经费等。如中国科学技术信息研究所虚报188人，多申领基本支出预算711.69万元用于弥补人员经费。

2．文化部本级和中国水利水电科学研究院、发展改革委能源研究所等2个所属单位挪用或套取财政资金等1.04亿元，其中3433万元用于违规购买购物卡、礼品或发放劳务费等。如新闻出版广电总局广播电影电视设计研究院2012年至2013年以假发票套取3034.04万元，用于发放奖金、购买预付卡等，其中2013年1662.9万元。

3．卫生计生委本级和中国建筑文化中心、中国地质科学院矿产资源研究所等34个所属单位采取转移收入或虚列支出等方式，账外设立“小金库”1.94亿元。如林业局调查规划设计院等3个单位2012年至2013年，套取资金1984.55万元设立“小金库”，主要用于发放奖金、招待等支出；海洋局预报中心2011年至2013年，将510.61万元广告收入存放所属公司，其中392.19万元用于发放职工津补贴。

（四）一些中央部门主管的社会组织和所属单位依托行政资源不当牟利。至2013年底，卫生计生委、国土资源部、住房城乡建设部等13个部门主管的35个社会组织和61个所属事业单位利用所在部门影响，采取违规收费、未经批准开展评比达标、有偿提供信息等方式取得收入共计29.75亿元，部分单位违规发放津补贴1.49亿元。如中华医学会在2012年至2013年召开的160个学术会议中，用广告展位、医生通讯录和注册信息等作为回报，以20万元至100万元价格公开标注不同等级的赞助商资格，收取医药企业赞助8.2亿元；未经批准违规收取资格考试复训费1965.04万元，将618个继续教育培训项目收入1.14亿元存放账外。卫生部医院管理研究所将受卫生计生委委托收集的医院用药数据，出售给医药市场调研公司，2011年至2013年违规取得收入3527.1万元。中国城市科学研究会2013年在受住房城乡建设部委托进行绿色建筑标识评价过程中，未经批准违规收取参评单位评审费1418.55万元。

（五）部门决算草案编报和部分会计核算不准确。审计38个部门决算草案发现，商务部、教育部、中科院等23个部门账务处理不规范或报表填列错误，涉及金额23.69亿元，占审计资金总量的1.53%。此外，审计还发现预算编报不规范、政府采购规定执行不严格、资产管理及会计核算不规范等问题金额57.66亿元。

对审计指出的问题，相关部门在审计过程中已采取130项措施，正在积极落实整改。