其次，该制度的建立重在存款保险机构如何设置。杨子强建议，成立具有独立法人资格的存款保险机构，由政府以财政拨款注入资本金，央行和银行业机构按照一定比例共同出资设立，并在各地设立分支机构。

目前市场上基本形成共识，即包括国有大行在内的所有存款类机构均纳入到存款保险体系中，实施强制保险。

而保险费率方面，国际上主要是单一费率和差别费率两种类型。根据金融现状，杨子强建议实行差别化保险费率。“建议综合考虑各投保银行的资产规模、资产质量、风险状况等因素，实施差别化的保险费率，对资产质量高、风险低的银行实行低费率，反之，实行高费率，充分体现保险费率的正向激励作用，发挥金融监管辅助功能。”

存款保险基金需要经过长期积累才能达到一定规模，才具备赔付能力。周逢民表示，考虑我国目前多数银行的财力，存款保险基金最初应由政府和参保银行共同出资，并定期收取保费补充。

“启动阶段，可以考虑我国存款保险基金的部分积累从央行法定准备金中划转。”他指出，“建议或适当降低央行存款准备金率并将其转化为存款保险费，或者在维持央行存款准备金率不变的同时要求投保银行按照一定费率交纳保费。”