据2011年3月中国物流与采购联合会对65家大型物流企业的调查，2008-2010年三年年均营业税实际负担率为1.3%，其中货物运输业务负担率平均为1.88%。实行增值税后，即使货物运输企业发生的可抵扣购进项目中全部可以取得增值税专用发票进行进项税额抵扣，实际增值税负担率也会增加到4.2%，上升幅度为123%。

同时，《报告》指出，物流业务各环节税率不统一问题仍未解决。根据“营改增”试点方案，依旧对物流业设置了“交通运输服务”和“物流辅助服务”两类应税服务项目，交通运输服务按照11%的税率，物流辅助服务按照6%的税率征收增值税。

整合各类物流资源，实行供应链管理，一体化运作，开展一票到底业务、一站式服务，是物流企业基本的运作模式。“在实际经营中，各项物流业务上下关联，很难区分运输服务与物流辅助服务，人为划分不仅不适应现代物流一体化运作的需要，也增加了税收征管工作的难度。”报告指出。

此外，《报告》还指出，目前快递企业适用税率仍不明确，物流企业集团及其分、子公司无法合并缴纳增值税等方面的问题。