资料显示，过去3年新农合迅速扩张，以村镇人口为代表的基层医疗需求释放在县级医院集中体现；同时，370亿元的专项建设资金引导支持了县级医院的集体扩张。据南方医药经济研究所统计数据显示，2011年3月新医改重点改革县医院之后，市场规模因此扩增了664亿元。而根据目前县级医院的情况来看，“取消药品加成”扣减掉的是账目上那部分药品加成，而药品对县级医院实际贡献的大部分并未因此取消，因此用药动力和导向都不应发生显著变化。

分析人士认为，在县级医院推行取消以药补医的过程中，短期来说将有一定的负面影响，因此建议在财政支撑有限的情况下，可以发展民间资本支撑，或是对医疗服务价格进行相应的管理。

由卫生部2012年卫生工作会议的指示来看，推进新农合的支付制度改革将是今年的工作要务。由于县级医院的新农合参合病人占到诊疗量的60%左右，将成为支付改革的主要参与方。瑞银认为，国内目前要推进支付方式改革，基础条件还有待明显改善，例如县级医院临床路径管理、成本核算等规范化基础设施薄弱等。